El príncipe Tamino se ha extraviado en un bosque cercano al Templo de la Reina de la noche. Ésta tiene una hija llamada Pamina, quien se encuentra bajo el poder del Rey Sarastro. Papagueno y Grandel, dos personajes bastante curiosos y extravagantes se adentran en el bosque en busca de un mejor destino. Mientras el príncipe cabalga buscando la salida, es atacado por unos terribles dragones de dos cabezas y finalmente cae desmayado. Unas doncellas de la Reina lo ayudan con su magia y cuando vuelve en sí, ve por allí a Papageno y Grandel y cree que éstos lo han salvado, por lo que decide llevarlos a su reino en agradecimiento.

Emprenden el viaje, pero por el camino son sorprendidos por la Reina de la Noche y sus doncellas. Está le cuenta la verdad acerca de quiénes realmente lo ayudaron y le encomienda una importante misión: rescatar a su hija Pamina. Para esto le entrega La flauta mágica, que solo podrá usarse como último recurso. Con ayuda de Papageno y Grandel, el príncipe logra llegar al palacio de Sarastro, donde se encuentra Pamina custodiada por Monostatos, la mano derecha del Rey.